La travée du narthex est la plus large (5,70 m), les trois suivantes sont identiques (4,30 m), la cinquième accuse un élargissement (5,20 m) qui semble prévenir le rétrécissement de la suivante (2,90 m) donnant sur le transept.

Le chœur est entouré d'un déambulatoire permettant aux fidèles de défiler autour des reliques de Foy d'Agen. Il est orné de grilles en fer forgé datant du xiie siècle et qui, selon la tradition légendaire rapportée dans le Liber miraculorum sancte Fidis de Bernard d'Angers, auraient été réalisées avec les chaînes, colliers et bracelets de fer apportés par d'anciens prisonniers délivrés par l'intercession de la sainte15. La sacristie est décorée de fresques du xve siècle qui racontent le martyre de la sainte. Au fond du transept gauche, on peut admirer un haut-relief représentant l'Annonciation, sculpté par le même artiste que celui qui exécuta le tympan.Les vitraux de Pierre Soulages réalisés entre 1987 et 1994 en collaboration avec le verrier Jean-Dominique Fleury ajoutent un aspect contemporain à l'atmosphère sobre et recueillie de l'église.